Действие фильма разворачивается спустя два года после событий игры Final Fantasy VII. Планета стала довольно мирным местом, хотя города и вся индустрия полностью разрушены, а большая часть населения заражена синдромом Звездного шрама. Главный герой по имени Клауд живет один и чувствует вину за то, что совершил, спасая мир. Однако рефлексировать ему осталось недолго - миру грозит новая напасть.

Последняя фантазия Духи внутри

Земля, год 2065… Планета в страшной опасности. На родину человечества напали монстры-фантомы из космоса, которым невозможно противостоять. Полупрозрачные чудовища, более похожие на порождения галлюцинирующего мозга, уже истребили большую часть человечества и скоро их господство над Землей станет полным.
Судьба мира в руках горстки смельчаков - ученой Аки Росс, доктора Сиди и техноспецназа капитана Эдвардса, вступающих в последнее сражение с инопланетной нечистью.