С момента последней встречи жизнь героев мультфильма немного изменилась.
Скрэт (который вновь случайным образом стал виной глобальной проблемы, открыв путь в мир динозавров) по-прежнему пытается поймать неуловимый орех, но на этот раз у него появился конкурент - крысобелка Скрэтти, одновременно с одержимой борьбой за орех, эти двое влюбляются друг в друга. Саблезубый тигр Диего сомневается, не стал ли он слишком мягкотелым в компании своих друзей, мамонты Манфред и Элли ждут рождения своего мамонтенка, а ленивец Сид попадает в неприятности, стащив яйца динозавров для своей импровизированной семьи.
Спасая бедолагу Сида, друзья попадают в таинственный подледный мир, где их ждут динозавры, агрессивная окружающая среда и новые невероятные приключения, а также они знакомятся с охотнитком на динозавров - лаской по имени Бак.