Описание: В 2079 году, мистическая клеточно-кластерная структура начинает операцию по уничтожению человечества. После двух лет войны, человечество решает применить ядерное оружие. Принеся себя в жертву, люди тем самым пытались уничтожить врага. Множество континентов раскололось, Антарктика исчезла, 50% земного шара покрывает вода.

Три года спустя, считавшийся побежденным враг появился снова. Для идентификации кластера, был отправлен авианосец Koryu. На борту он нес гордость Японского флота и науки - три специальных “файтера” (авиа-экзоскелеты Sky Divers: Reijin, Fujin, Raijin). Пилоты этих авиа-экзоскелетов - три девочки - Sky Girls: Sakurano Otoha, Sonomiya Kren и Ichijo Eika.