В ближайшем будущем на удаленном острове под названием The Lost Grounds появилась новая разновидность людей, Alter User'ы, умеющие манипулировать материей и преобразовывать ее во что-то другое. На этом острове гражданами считаются те, кто родился внутри обнесенного стеной города, в то время как все остальные ведут полузаконное существование в бесплодных землях. Пытаясь поддерживать мир полицейские войска HOLD вместе с отрядом элитных alter user'ов HOLY захватывают опасных native alter user'ов и предлагают им выбор... присоединиться к HOLY или быть заключенными в тюрьму. После того, как молодой native alter user Kazuma встречается с HOLY, возникает вопрос. Действительно ли HOLY заинтересована в том, чтобы всем было хорошо, или у них есть какие-то другием мотивы?