После серии глобальных природных катастроф и, очевидно, нескольких вооруженных столкновений, Земля лежит в руинах. И только один прекрасный небесный город, рай, плавающий среди облаков, Тифарес остается прибежищем цивилизации. Но это - место для избранных. Внизу, под этим городом, на поверхности Земли, оставшаяся часть населения планеты ведет жестокую борьбу за существование.
На свалке отходов, падающих с Тифареса, ученый по имени Идо, находит голову девушки-киборга и восстанавливает ее. Но оказывается, что Алита (так он назвал киборга, потому что свое настоящее имя она не помнит), потеряла память. Ее прошлое остается загадкой. Единственное, что она помнит, это легендарный стиль боевых искусств, разработанный специально для киборгов, но теперь забытый. Эти навыки не раз выручают ее во время странствий по этому жестокому миру. Путь ее будет не легким. Она сменит не одну работу, начиная с охотника за головами и заканчивая секретным агентом Тифареса. Переживет немало трагедий и потерь. Но сможет ли Алита достичь своей загадочной цели, какова бы она ни была?