В основе сценария Гадких лебедей - повесть о городе-призраке с интернатом для одаренных детей. Там подрастает племя молодое и пугающе странное, чьими учителями являются существа мокрецы - то ли мутанты, то ли пришельцы.
В городе происходит беспричинное изменение климата, напоминающее вселенский потоп. Естественно, вокруг вьются бесчисленные комиссии, изучающие эту аномалию, спецслужбы и спецагенты.
Герой фильма, писатель Виктор Банев вынужден вести собственное расследование этой ситуации, так как среди детей интерната находится его дочь. По сути, он включается в борьбу не только за судьбу конкретных детей и своей дочери, но и за ту форму Будущего, которое выберет человечество.